An der APMSG hat es bisher Kooperationsklassen gegeben. Seit dem Schuljahr 2020/2021 wurde das Konzept der systemisch präventiven Unterstützung eingeführt. Dabei werden die Lehrkräfte von einer Lehrkraft des Förderzentrums Gersthofens vor allem in den Fächern Mathematik und Deutsch unterstützt.